Il est très fréquent qu’on nous demande de rechercher des comptes rendus médicaux à partir d’une liste de mots-clés. Par exemple, on s’attend à identifier tous les patients atteints d’endocardite simplement en recherchant le mot « endocardite ».
Dans ce billet, nous allons voir comment extraire des codes CIM-10 à partir d’un fichier RDF télécharger depuis le serveur multi-terminologique, en utilisant le langage SPARQL dans un script Python. C’est quoi un fichier RDF ? Un fichier RDF (Resource Description Framework) est un modèle de données conçu pour représenter et relier des concepts issus d’une terminologie de manière hiérarchique et standardisée. Par exemple, la terminologie CIM-10 attribue à chaque maladie un code unique, utilisé notamment pour la codification des actes médicaux dans le cadre du PMSI (Programme de médicalisation des systèmes d’information).
Bienvenue dans ce premier billet de blog collaboratif, spécialisé en data science appliquée au domaine de la santé. Nous avons créé ce blog dans le but d’agréger des connaissances spécialisées sur le traitement des données médicales. En effet, ce genre de resource est souvent rare, surtout en français, et quand elle existe elle est souvent noyée dans un flot d’informations difficiles à trier.
